Rodopsinu-slični receptori

Rodopsinu-slični receptori
Struktura rodopsina: G protein-spregnutog receptora.[1]
Identifikatori
Simbol 7tm_1
Pfam PF00001
InterPro IPR000276
PROSITE PDOC00211
SCOP 1f88
Superfamilija 1f88
OPM protein 6
OPM protein 1gzm
Dostupne PDB strukture:
Pfam structures
PDB RCSB PDB; PDBe
PDBsum strukturni pregled

Rodopsinu-slični receptori su familija proteina koja obuhvata najveću grupu G-protein spregnutih receptora.[2]

Oblast

G-protein-spregnuti receptori, GPCR, su velika proteinska familija koja obuhvata širok spektar funkcija (razne autokrine, parakrine i endokrine procese). Oni manifestuju znatnu raznovrsnost na nivou sekvenci. Na osnovu thi razlika oni su grupisani. GPCR receptori se obično opisuju kao "superfamilija" zato što se mogu podeliti na više familija za koje postoje indikacije o evolucionim odnosima, mada između njih ne postoje statistički značajna sličnost sekvenci.[2] Trenutno poznati članovi superfamilije su rodopsinu-slični GPCR, sekretinu-slični GPCR, cAMP receptori, gljivični feromonski receptori, i metabotropska glutamatna receptorska familija. Postoje specijalizovane baze podataka za GPCR receptore.[3]

Klase

Rodopsinu-slični GPCR receptori su klasifikovani u 19 podgrupa (A1-A19) na osnovu filogenetske analize.[4]

Literatura

  1. ↑ Palczewski K, Kumasaka T, Hori T, et al. (August 2000). „Crystal structure of rhodopsin: A G protein-coupled receptor”. Science 289 (5480): 739–45. DOI:10.1126/science.289.5480.739. PMID 10926528. 
  2. ↑ 2,0 2,1 Attwood TK, Findlay JB (1994). „Fingerprinting G-protein-coupled receptors”. Protein Eng. 7 (2): 195–203. DOI:10.1093/protein/7.2.195. PMID 8170923. 
  3. ↑ „Information system for G protein-coupled receptors”. GPCRDB. www.gpcr.org. Arhivirano iz originala na datum 2009-04-22. Pristupljeno 05. 12. 2008. 
  4. ↑ Joost P, Methner A (2002). „Phylogenetic analysis of 277 human G-protein-coupled receptors as a tool for the prediction of orphan receptor ligands”. Genome Biol 3 (11): research0063.1–0063.16. DOI:10.1186/gb-2002-3-11-research0063. PMC 133447. PMID 12429062. 

Dodatna literatura

  • Vriend G, Horn F, Oliveira L, Bywater RP, Cohen FE. „GPCRDB (G Protein-Coupled Receptor Data Base): sequence-derived data.”. Arhivirano iz originala na datum 2007-11-14. Pristupljeno 10. 12. 2007. 
  • Horn F, Bettler E, Oliveira L, Campagne F, Cohen FE, Vriend G (2003). „GPCRDB information system for G protein-coupled receptors”. Nucleic Acids Res. 31 (1): 294–7. DOI:10.1093/nar/gkg103. PMC 165550. PMID 12520006. 
  • p
  • r
  • u
Klasa A: Rodopsinu slični
α1 (A, B, D) • α2 (A, B, C) • β1 • β2 • β3
Adenozinski (A1, A2A, A2B, A3) • P2Y (1, 2, 4, 5, 6, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14)
(svi osim 5-HT3) 5-HT1 (A, B, D, E, F) • 5-HT2 (A, B, C) • 5-HT (4, 5A, 6, 7)
Drugi
Acetilholin (M1, M2, M3, M4, M5) • Dopamin (D1, D2, D3, D4, D5) • Histamin (H1, H2, H3, H4) • Melatonin (1A, 1B, 1C) • TAAR (1, 2, 3, 5, 6, 8, 9)
Metaboliti i
signalni molekuli
CysLT (1, 2) • LTB4 (1, 2) • FPRL1 • OXE • Prostaglandin (DP (1, 2), EP (1, 2, 3, 4), FP) • Prostaciklin • Tromboksan
Drugi
Žučna kiselina • Kanabinoidni (CB1, CB2, GPR (18, 55, 119)) • EBI2 • Estrogen • Slobodna masna kiselina (1, 2, 3, 4) • Laktat  • Lizofosfatidna kiselina (1, 2, 3, 4, 5, 6)  • Lizofosfolipid (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8) • Niacin (1, 2) • Oksoglutarat • PAF • Sfingozin-1-fosfat (1, 2, 3, 4, 5) • Sukcinat
Peptid
B/W (1, 2) • FF (1, 2) • S • Y (1, 2, 4, 5) • Neuromedin (B, U (1, 2)) • Neurotenzin (1, 2)
Drugi
Anafilatoksin (C3a, C5a) • Angiotenzin (1, 2) • Apelin • Bombezin (BRS3, GRPR, NMBR) • Bradikinin (B1, B2) • Hemokin • Holecistokinin (A, B) • Endotelin (A, B) • Formil peptid (1, 2, 3) • FSH • Galanin (1, 2, 3) • GHB receptor • Gonadotropin-oslobađajući hormon (1, 2) • Grelin • Kispeptin • Luteinizirajući hormon/horiogonadotropin • MAS (1, 1L, D, E, F, G, X1, X2, X3, X4) • Melanokortin (1, 2, 3, 4, 5) • MCHR (1, 2) • Motilin • Opioidni (δ, κ, μ, Nociceptin & ζ, ali ne σ) • Oreksin (1, 2) • Oksitocin • Prokineticin (1, 2) • Prolaktin-oslobađajući peptid • Relaksin (1, 2, 3, 4) • Somatostatin (1, 2, 3, 4, 5) • Tahikinin (1, 2, 3) • Tirotropin • Tirotropin-oslobađajući hormon • Urotenzin-II • Vazopresin (1A, 1B, 2)
Razno
GPR (1, 3, 4, 6, 12, 15, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 25, 26, 27, 31, 32, 33, 34, 35, 37, 39, 42, 44, 45, 50, 52, 55, 61, 62, 63, 65, 68, 75, 77, 78, 81, 82, 83, 84, 85, 87, 88, 92, 101, 103, 109A, 109B, 119, 120, 132, 135, 137B, 139, 141, 142, 146, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 160, 161, 162, 171, 173, 174, 176, 177, 182, 183)
Drugi
Adrenomedulin • Mirisni • Opsin (3, 4, 5, 1LW, 1MW, 1SW, RGR, RRH) • Proteazom-aktivirani (1, 2, 3, 4) • SREB (1, 2, 3)
Klasa B: Sekretinu slični
GPR (56, 64, 97, 98, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 123, 124, 125, 126, 128, 133, 143, 144, 155, 157)
Drugi
Klasa C: Metabotropni
glutamat / feromon
TAS1R (1, 2, 3) • TAS2R (1, 3, 4, 5, 8, 9, 10, 12, 13, 14, 16, 19, 20, 30, 31, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 45, 46, 50)
Drugi
Klasa F:
Frizzled / Zaglađeni
Uvojiti
Frizzled (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10)
Zaglađeni
B trdu: peptidi (nrpl/grfl/cytl/horl), receptori (lgic, enzr, gprc, igsr, intg, nrpr/grfr/cytr), itra (adap, gbpr, mapk), calc, lipd, signalni putevi (hedp, wntp, tgfp+mapp, notp, jakp, fsap, hipp, tlrp)