SOX4

SOX4
Наявні структури
PDBПошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB

3U2B

Ідентифікатори
Символи SOX4, EVI16, SRY-box 4, SRY-box transcription factor 4, CSS10
Зовнішні ІД OMIM: 184430 MGI: 98366 HomoloGene: 2338 GeneCards: SOX4
Онтологія гена
Молекулярна функція

DNA binding
GO:0001105 transcription coactivator activity
GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific
GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding
core promoter sequence-specific DNA binding
GO:0001948, GO:0016582 protein binding
protein heterodimerization activity
GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity
GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding

Клітинна компонента

цитоплазма
нуклеоплазма
мітохондрія
клітинне ядро

Біологічний процес

skeletal system development
noradrenergic neuron differentiation
DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest
cardiac ventricle formation
glial cell development
GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
limb bud formation
regulation of protein stability
sympathetic nervous system development
somatic stem cell population maintenance
glucose homeostasis
positive regulation of canonical Wnt signaling pathway
ventricular septum morphogenesis
protein stabilization
ascending aorta morphogenesis
negative regulation of cell death
mitral valve morphogenesis
positive regulation of translation
transcription, DNA-templated
neuroepithelial cell differentiation
GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated
positive regulation of Wnt signaling pathway
negative regulation of protein ubiquitination
heart development
pro-B cell differentiation
atrial septum primum morphogenesis
T cell differentiation
kidney morphogenesis
positive regulation of cell population proliferation
spinal cord development
positive regulation of apoptotic process
glial cell proliferation
canonical Wnt signaling pathway
positive regulation of N-terminal peptidyl-lysine acetylation
spinal cord motor neuron differentiation
cardiac right ventricle morphogenesis
neural tube formation
cellular response to glucose stimulus
endocrine pancreas development
negative regulation of cell population proliferation
positive regulation of insulin secretion
GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II
transcription by RNA polymerase II
диференціація клітин

Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії




Більше даних
Ортологи
Види Людина Миша
Entrez
6659
20677
Ensembl
ENSG00000124766
ENSMUSG00000076431
UniProt
Q06945
Q06831
RefSeq (мРНК)
NM_003107
NM_009238
RefSeq (білок)
NP_003098
NP_033264
Локус (UCSC) Хр. 6: 21.59 – 21.6 Mb Хр. 13: 29.13 – 29.14 Mb
PubMed search [1] [2]
Вікідані
Див./Ред. для людейДив./Ред. для мишей

SOX4 (англ. SRY-box 4) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми.[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 474 амінокислот, а молекулярна маса — 47 263[4].

Послідовність амінокислот
1020304050
MVQQTNNAENTEALLAGESSDSGAGLELGIASSPTPGSTASTGGKADDPS
WCKTPSGHIKRPMNAFMVWSQIERRKIMEQSPDMHNAEISKRLGKRWKLL
KDSDKIPFIREAERLRLKHMADYPDYKYRPRKKVKSGNANSSSSAAASSK
PGEKGDKVGGSGGGGHGGGGGGGSSNAGGGGGGASGGGANSKPAQKKSCG
SKVAGGAGGGVSKPHAKLILAGGGGGGKAAAAAAASFAAEQAGAAALLPL
GAAADHHSLYKARTPSASASASSAASASAALAAPGKHLAEKKVKRVYLFG
GLGTSSSPVGGVGAGADPSDPLGLYEEEGAGCSPDAPSLSGRSSAASSPA
AGRSPADHRGYASLRAASPAPSSAPSHASSSASSHSSSSSSSGSSSSDDE
FEDDLLDLNPSSNFESMSLGSFSSSSALDRDLDFNFEPGSGSHFEFPDYC
TPEVSEMISGDWLESSISNLVFTY

Кодований геном білок за функцією належить до активаторів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у ядрі.

Література

  • The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504

Примітки

  1. Human PubMed Reference:.
  2. Mouse PubMed Reference:.
  3. HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11200 (англ.) . Процитовано 6 вересня 2017.
  4. UniProt, Q06945 (англ.) . Архів оригіналу за 15 жовтня 2017. Процитовано 6 вересня 2017.

Див. також

  • Хромосома 6
Молекула міоглобіну Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

П:  Портал «Біологія» П:  Портал «Хімія»

 
Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори
 
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)
(1.3) Спіраль-петля-спіраль
/ Лейцинова застібка
(bHLH-ZIP)
(1.4) NF-1
(1.5) RF-X
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
 
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4)
підродина 1
підродина 2
підродина 3
підродина 4
підродина 5
підродина 6
підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4
(2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців
(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер
(2.5) Цинкові пальці іншого складу
(2.6) WRKY
  • WRKY
 
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс
(3.2) Парний бокс
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль
(3.4) Фактори теплового шоку
(3.5) Триптофановий кластер
(3.6) Домен транскрипційний енхансер
 
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR
(4.2) STAT
(4.3) p53
(4.4) MADS
(4.6) TATA
(4.7) Високомобільна група
(4.9) Grainyhead
(4.10) Домен холодового шоку
(4.11) Runt
 
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y)
(0.3) Pocket домен
(0.5) AP2/EREBP-подібні
  • AP2
  • EREBP
  • B3
(0.6) Інші