Endonukleaza prepusta

Endonukleaze prepusta (Flap endonukleaze, FEN, takođe poznate kao 5' nukleaze u starijoj literaturi) su klasa nukleolitičkih enzima koji deluju kao 5'-3' egzonukleaze i strukturno specifične endonukleaze na specijalizovanim DNK strukturama koji se javljaju tokom bioloških procesa DNK replikacije, DNK popravke, i DNK rekombinacije. Flap endonukleaze su prisutne kod eukariota, prokariota, arheja, i pojedinih virusa. Organizmi mogu da imaju više od jednog FEN homologa; ova redundantnost može da bude indikacija važnosti tih enzima. Kod prokariota, FEN enzimi su prisutni kao N-terminalni domen DNK polimeraze I, mada pojedini prokarioti kodiraju drugi homolog.^[1]^[2]^[3]

Vidi još

Endonukleaze

Reference

↑ Sayers, Jon R. (1994). „Computer Aided Identification of a Potential 5′-3′ Exonuclease Gene Encoded by Escherichia coli”. Journal of Theoretical Biology 170 (4): 415–21. DOI:10.1006/jtbi.1994.1202. PMID 7996866.
↑ Liu, Yuan; Kao, Hui-I; Bambara, Robert A. (2004). „FLAP ENDONUCLEASE 1: A Central Component of DNA Metabolism”. Annual Review of Biochemistry 73: 589–615. DOI:10.1146/annurev.biochem.73.012803.092453. PMID 15189154.
↑ Ceska, T; Sayers, JR (1998). „Structure-specific DNA cleavage by 5′ nucleases”. Trends in Biochemical Sciences 23 (9): 331–6. DOI:10.1016/S0968-0004(98)01259-6. PMID 9787638.

Vanjske veze

Flap endonucleases, 5'-3' exonucleases & 5' nucleases

Hidrolaze: esteraze (EC 3.1)

3.1.1: Hidrolaze karboksilnih estara

Holinesteraza (Acetilholinesteraza, Butirilholinesteraza) • Pektinesteraza • 6-fosfoglukonolaktonaza • PAF acetilhidrolaza

Lipaza (Zavisna od žučnih soli, Gastrična/Lingvalna, Pankreasna, Lizozomalna, Hormon-sensitivna, Endotelna, Hepatička, Lipoproteinska, Monoacilglicerolna, Diacilglicerolna)

Fosfolipaza (A1, A2, B)

3.1.2: Tioesteraza

Tioesteraza palmitoil proteina • Ubikvitin karboksilni-terminal hidrolaza L1

3.1.3: Fosfataza

Alkalna fosfataza (ALPI, ALPL, ALPP) • Kiselinska fosfataza (Prostatična)/Tartrat-otporna kiselinska fosfataza/Fosfataze purpurne kiseline • Nukleotidaza • Glukoza 6-fosfataza • Fruktoza 1,6-bisfosfataza •

Kalcineurin • Fosfoproteinska fosfataza (PP2A) • OCRL • Piruvat dehidrogenazna fosfataza • Fruktoza 6-P,2-kinaza:fruktoza 2,6-bisfosfataza •PTEN • Fitaza • Inozitol-fosfat fosfataza (IMPA1)

Fosfoproteinska fosfataza: Proteinska tirozinska fosfataza • Proteinska serin/treoninska fosfataza • Fosfataza dualne-specifičnosti

3.1.4: Fosfodiesteraza

Autotaksin • Fosfolipaza (C, D) • Sfingomijelin fosfodiesteraza (1) • PDE1 • PDE2 • PDE3 • PDE4A/PDE4B • PDE5 • Lecitinaza (Clostridium perfringens alfa toksin) • Fosfodiesteraza cikličnih nukleotida

3.1.6: Sulfataza

arilsulfataza (Arilsulfataza A, Arilsulfataza B, Arilsulfataza E, Steroidna sulfataza) • Galaktozamine-6 sulfataza • Iduronat-2-sulfataza • N-acetilglukosamin-6-sulfataza

Nukleaza (obuhvata
deoksiribonukleazu i
ribonukleazu)

3.1.11-16: Eksonukleaza

Eksodeoksiribonukleaza	RecBCD
Eksoribonukleaza	Oligonukleotidaza

3.1.21-31: Endonukleaza

Endodeoksiribonukleaza	Deoksiribonukleaza I • Deoksiribonukleaza II • Deoksiribonukleaza IV • Restrikcioni enzim • UvrABC endonukleaza
Endoribonukleaza	RNaza III • RNaza H (1, 2A, 2B, 2C) • RNaza P • RNaza A (1, 2, 3, 4/5) • RNaza T1 • RNK-indukovani utišavajući kompleks
bilo dezoksi- ili ribo-	Aspergillus nukleaza S1 • Nukleaza mikrokoka

B enzm: 1.1/2/3/4/5/6/7/8/10/11/13/14/15-18, 2.1/2/3/4/5/6/7/8, 2.7.10, 2.7.11-12, 3.1/2/3/4/5/6/7, 3.1.3.48, 3.4.21/22/23/24, 4.1/2/3/4/5/6, 5.1/2/3/4/99, 6.1-3/4/5-6

DNK replikacija (Prokariotska, Eukariotska)

Separacija
i inicijacija

Prokariotska (inicijacija)	Prereplikacioni kompleks Cdc6 Helikaza (dnaA, dnaB, T7) • Primaza (dnaG)
Eukariotska (priprema u G1 fazi)	Prereplikacioni kompleks: Kompleks prepoznavanja mesta početka (ORC1, ORC2, ORC3, ORC4, ORC5, ORC6) • Održavanje minihromozoma (MCM2 • MCM3 • MCM4 • MCM5 • MCM6 • MCM7) • CDC6 Faktor licenciranja Autonomna replikaciona sekvenca Protein jednolančanog vezivanja (SSBP1, SSBP2, SSBP3) RNaza H (RNASEH1, RNASEH2A) Helikaza: HFM1 Primaza: PRIM1 • PRIM2
Oba	Početak replikacije/Ori/Replikon Replikaciona viljuška (zaostajući i vodeći lanci) • Okazakijev fragment • Prajmer

Replikacija

Prokariotska (elongacija)	DNK polimeraza III holoenzim (dnaC, dnaE, dnaH, dnaN, dnaQ, dnaT, dnaX, holA, holB, holC, holD, holE) • Replizom • DNK ligaza • DNK stega • Topoizomeraza (DNK giraza) Prokariotska DNK polimeraza: DNK polimeraza I (Klenov fragment)
Eukariotska (sinteza u S fazi)	Replikacioni faktor C (RFC1, RFC2, RFC3, RFC4, RFC5) • Endonukleaza prepusta (FEN1) • Topoizomeraza • Replikacioni protein A (RPA1) Eukariotska DNK polimeraza: delta (POLD1, POLD2, POLD3, POLD4) DNK stega (PCNA)
Oba	Kretanje: Procesivnost • DNK ligaza

Terminacija

Telomera: Telomeraza (TERT, TERC, DKC1)

B bsyn: dnk (repl, cycl, reco, repr) • tscr (fact, tcrg, nucl, rnat, rept, ptts) • tltn (risu, pttl, nexn) • dnab, rnab/runp • stru (domn, 1°, 2°, 3°, 4°)