スーパーロボット大戦DD

この世界はDr.ヘルの地下帝国、キャンベル星人、邪魔大王国、デーモン族という、地球内外からの侵略者に狙われていた。

平和の危機を予期していた科学者たちが開発したスーパーロボット軍団が、悪の勢力を迎え撃つ。しかしそれに対抗して、侵略者たちも互いに手を結び、人類を蹂躙しようとする。

そこへさらに、異世界バイストン・ウェルから現れたオーラバトラーが絡み、戦局は混迷を深めていく。

3か月前にこの世界に転移したユンナは、包括的な危機に対応するための「SR計画」を進行中の地球連邦軍伊豆基地に身を置いていた。そこへ「早乙女の乱」以来行方不明となっていたゲッターロボのパイロット・流竜馬が15年の時を越えて帰還する。次いで機械生命体ゾンダーの出現やボアザン星人の侵略が立て続けに起こるが、それでも地球と宇宙の対立は解消せず、むしろ悪化の一途をたどっていた。

地球連邦軍の独立部隊ロンド・ベルの旗艦ラー・カイラムは、ネオ・ジオンからの攻撃を受けて予定進路を外れ、伊豆付近に降下する。艦に搭載されたユニコーンガンダムは、地球連邦を根幹から揺るがす「ラプラスの箱」につながる鍵であり、多くの勢力に狙われていた。SR計画の支援を受けたラー・カイラムは相次ぐ襲撃をしのぎ、一年戦争の英雄と謳われるアムロ・レイも合流する。

第3新東京市に謎の敵性体「使徒」が出現し、特務機関NERVの擁するエヴァンゲリオン初号機に撃滅される。その後NERVは何らかの計画に基づき、パイロットの碇シンジや指揮官の葛城ミサトたちを強引にロンド・ベルへ出向させる。

そのような状況下でも日本は比較的平和だったが、対テロ極秘傭兵組織ミスリルに所属する相良宗介は、正体不明の武装組織に狙われる千鳥かなめを守るため、彼女を母艦トゥアハー・デ・ダナンに収容しようとする。そこへ転移してきたリナリアは戦闘に巻き込まれ、なりゆきで宗介たちと行動を共にするようになる。彼らを迎え入れたデ・ダナンの艦長テッサは、次いで地球連合軍の強襲機動特装艦アークエンジェルの支援に向かう。

アークエンジェルに搭載されたストライクガンダムのパイロットを務めるキラ・ヤマトは、コーディネイターでありながら地球連合側に身を置き、かつての親友アスラン・ザラと対決せねばならなくなったことに苦悩していた。しかしプラントの軍ザフトに属するアスランは、あえて心を鬼にしてキラを追う。両者の戦いのさなか、不意に空間が歪み、加勢に出ていた宗介やリナリアともども、アークエンジェルは時空跳躍してしまう。

新たな世界において、地球は3つの大国に支配されており、その一角を占める神聖ブリタニア帝国は日本を植民地「エリア11」へと変えていた。戦争根絶を掲げる武装組織ソレスタルビーイングは異世界からの来訪者を予期しており、「所属不明艦」として攻撃を受けるアークエンジェルを護るためガンダムマイスターたちを派遣する。さらにブリタニアの打倒を目論むルルーシュ・ランペルージは、仮面のレジスタンス「ゼロ」としてアークエンジェルに接触し、その存在を利用しようとする。

孤立無援で補給の当てもないアークエンジェルは、やむなくゼロの勧誘を受けてレジスタンス組織「黒の騎士団」の活動に協力する。しかし、イレギュラー要素の介入により3大国家のパワーバランスが崩れることを危惧したソレスタルビーイングが、アークエンジェルの保護を申し出てきたため、そちらに鞍替えする。ゼロは黒の騎士団から紅月カレンを出向させつつも、いったんは手を引いた。

ソレスタルビーイングを壊滅させるため、残る大国の人革連やAEU・ユーロピア共和国連合が次々と兵を差し向けてくる。アークエンジェルとソレスタルビーイングは力を合わせてこの難局を乗り切っていくのだった。

火星の少年兵オルガや三日月たちは自立のために新組織「鉄華団」を立ち上げ、初仕事として火星独立運動の旗頭クーデリアを母艦イサリビで地球へ送り届けようとする。地球行きのメンバーには、並行世界から転移してきたマイコや、体験学習で火星に来たまま帰れなくなっていたコズミック・カルチャー・クラブの面々も参加していた。

そこへグラドス星人の地球侵略を警告に来たエイジと、その護衛キリコ・キュービィーが現れる。彼らを乗員に加えたイサリビは、ギャラルホルンやグラドスの追撃を凌ぎながら地球を目指すが、物資が尽きてきたため中立国ジオールの宇宙居住施設モジュール77に寄港する。

モジュール77内の咲森学園では、ハルトやショーコら高校生が青春を謳歌していた。その平穏は突如として破られ、ジオール本国を制圧したドルシアがモジュール77にまで特殊部隊を送り込んでくる。なぜか学園の地下に隠されていた機動兵器ヴァルヴレイヴIに乗り込んだハルトは、鉄華団を巻き込んだ乱戦の末にドルシアの部隊を撃退。ショーコはジオールにいる生徒たちの家族に累が及ばないよう、咲森学園の独立を宣言する。その陰で、ドルシア特殊部隊員のエルエルフは学園に居残り、自国の革命という目的のため生徒たちを動かそうとしていた。

ところが、モジュール77防衛に出ていた鉄華団やハルトたちは、空間の歪みによって並行世界の月面へと時空跳躍してしまう。彼らの目の前で、圧倒的多数の無人兵器の群れと戦うゼーガペインが、壮絶な自爆を遂げるのだった。

ヴァース帝国の皇女アセイラムは地球への親善訪問を試みるが、彼女のパレードは爆弾テロに見舞われ、これを契機に帝国軍が地球侵攻を開始する。日本の新芦原市の高校生である伊奈帆は、学友や避難民を護るために兵科訓練の練習機スレイプニールで出撃し、並行世界から転移してきたユニスの加勢を得て、帝国の尖兵を蹴散らす。

しかしヴァース帝国は侵攻の手を緩めない。逃避行の中で、避難民のセラムが、実は生きていたアセイラム姫であることが明らかになる。戦闘を止めるには彼女をしかるべき場所に送り届ける必要があると考えた伊奈帆たちは、火星のサイボーグ勢力メガノイドと敵対する破嵐万丈の協力の下、那須の宇宙科学研究所を目指す。

一行は研究所や隣接するシラカバ牧場で歓待を受けるが、地球侵略をたくらむベガ星連合軍が襲撃を仕掛けてくる。かつて彼らに故郷のフリード星を滅ぼされ、今は「宇門大介」を名乗るデューク・フリードは、第2の故郷となった地球を守るため、フリード星の守護神グレンダイザーで立ち向かう。

さらに、ユニスとは別の世界から転移してきたヒイロ・ユイを仲間に加えた一行は、連合軍本部のあるロシアへ向かう手段を求めてフェリー埠頭に赴く。強襲揚陸艦わだつみはすでに出発した後だったが、ヒイロの世界で「黒い幽霊」と呼ばれていたテンカワ・アキトと接触することができ、またひとり同行者を増やすのだった。

月内部の異世界ラビルーナを支配した邪動族との戦いに巻き込まれた大地は、魔動王グランゾートを操る魔動戦士に選ばれ、彼女らと共に旅を始めることになってしまう。一方、大地の友人である戦部ワタルも神部界に転移し、ドアクダーに支配された創界山を救う救世主に選ばれていた。シバラク、ヒミコと共に創界山へ乗り込もうとするワタルだったが、邪動士たちがレーベの道で神部界と月面を繋いだため月面へと飛ばされてしまう。

ワタルたちを加えた一行は残りの魔動戦士であるガス、ラビを仲間に加えラビルーナへ向かおうとラウーラの道へ入ろうとするが、再び邪動士たちの妨害により今度は地球の北海道へ飛ばされてしまう。そこでは邪神ドラゴを復活させようとするドラゴ帝国が街を襲撃していた。一行はドラゴと戦う宿命を持つ大河剣に協力し、剣を取材しようとしていた八神冴子の別荘へと匿われる。

一方、同じころ別の世界にあるザール星間帝国の襲来により荒廃した日本では、楯剣人ら孤児グループの少年少女たちがアール博士と出会っていた。帝国に滅ぼされたエリオス帝国皇帝の血を引いていた剣人はアール博士が開発したダルタニアスに乗り込み、帝国の監視部隊を退ける。後日、パトロールに出ていた剣人たちはゲートを発見、戦闘の末に偶然ゲートに入り込み大地たちの地球へと転移してしまう。リュウ・ドルク率いるドラゴ帝国と戦っていた一行の前に剣人たちが現れ、彼らを追ってきた帝国の監視ロボットも出現、何とか事態を納めた一行だったが突然の空間歪曲に巻き込まれ全員が転移してしまう。

その頃、シャアのアクシズ落としを止めたディバイン・ドゥアーズの前にアンギルオンとマービュオンが立ちはだかっていた。アンギルオンの血の力で支配されたディーダリオンは仲間に牙を剥き、それに反応したメラフディンはディーダリオンが敵となった場合に仕込まれていた消去プログラムを実行。ディーダリオンを破壊しようとするがメグの必死の想いが寸前でトドメを刺さず、ディーダリオンを正気に戻す。しかし、メグからの応答がなくなってしまう。

そこへ謎の光球、すなわち別の世界に通じるゲートが出現する。ディドの記憶が戻らない以上、ほかに境界空間からの脱出手段はないため、一同は突入を決意する。その向こうに広がっていたのは、荒廃して無人となった地球だった。この世界の人類は、地球環境の改変を目的とするガルズオルムの侵攻によって全滅しており、量子サーバーの中の「幻体」として意識をつなぎとめたセレブラムが、かろうじて抵抗を続けていた。一行はセレブラムの戦艦オケアノスと接触する。

自らが幻体であることを知らぬままゼーガペイン・アルティールでガルズオルムと戦っていたキョウは、目の前の世界がデータによる再現でしかないと悟って、深く思い悩む。しかし幼なじみのリョーコとの交流で「生きている実感」を得たキョウは、心機一転して戦線に復帰。こうして新たな仲間を得た一行は、ゲートを越えて次なる世界を目指す。

ゾンダーやインベーダーの襲撃が相次ぐ中で、ネオ・ジオン総帥シャア・アズナブルが小惑星フィフス・ルナを地球に落とそうとしていることが判明し、ロンド・ベルを中心とした一行は宇宙に上がる。人間同士が繰り広げる争いを見て、内なる声が語る「守るべき存在」とはどちらの勢力の人間なのか悩むディドに対し、メグは「小惑星落としが正しいとは思えない」と彼女なりの考えを述べる。ディドにその判断基準を問われたメグは「自分がそう思ったからとしか言えない。だからもし間違っていたなら、結果はすべて受け止める」と答える。

フィフス・ルナをめぐる攻防のさなか、アンギルオンが単独で現れて襲い掛かってくる。思わぬ妨害で一行は窮地に陥るが、メグこそ「守るべき存在」だと思い至ったディーダリオンが底力を発揮し、フィフス・ルナを破壊して一行を別の世界へと転移させる。

デーモン族はデビルマンとなった不動明を始末するため、彼の居候先の牧村美樹を操って襲わせるという卑劣な作戦に出るが、飛鳥了の介入で失敗に終わる。

アレン、ジェリル、フェイらオーラバトラー乗りを地下帝国に引き入れたDr.ヘルは、さらに兜十蔵博士の遺した「真のグレートマジンガー」をも手に入れる。しかし鉄也が負傷を押して操縦するブレーンコンドルがコクピットとなり、グレートマジンガーを奪い返すのだった。

さらに新たなゲートが日本の神戸岩上空に出現。この世界出身者のうちコン・バトラーVのバトルチームと鉄也を連れて、一行はゲートに突入する。このとき3機のエヴァがA.T.フィールドで各艦を防衛するのが、以降の基本戦術となる。

プラントと地球連合が争う世界のルワンダに転移した一行は、インドネシアのゴア・ガジャ遺跡上空のゲートを目指すが、ザフトの攻撃を受ける。親友アスランとの戦いに心をすり減らし、孤独を深めていくキラを、かなめが一喝して周囲の人々を頼るように諭す。

本来の世界に帰還したアークエンジェルと別れてゲートを越えた一行は、3大国家に支配された世界の富士山麓に出る。ルルーシュはゼロとして一行の戦力を自らの作戦に利用する一方、ブリタニア第三皇女ユーフェミアの騎士となった親友の枢木スザクを懐柔しようとする。しかしブリタニア側がスザクを巻き添えにしてゼロを葬ろうとしたため、ルルーシュは絶対遵守の力「ギアス」を行使してスザクに「生きろ」と命じざるを得なくなる。

ゼロの作戦に協力したオケアノスを残し、ラー・カイラムとイサリビはハワイのゲートを越えて進む。

鉄華団が木星マフィア「テイワズ」の直参であるタービンズとの接触を試みたとき、かつて昭弘の弟・昌弘を死ぬまで酷使した海賊クダルの襲撃を受ける。クダルを討ち取った鉄華団は、昌弘の思い出が残るガンダム・グシオンを回収する。

タービンズを通じて、鉄華団とモジュール77はテイワズの後ろ盾を得るが、小競り合いは収まらない。陰謀に巻き込まれたクーデリアは従者フミタンを喪いつつ、気丈にも迫るギャラルホルンを一喝して撤退させる。咲森学園ではドルシアの攻撃で、生徒のひとりアイナが命を落とした。

イサリビと別れたラー・カイラムは、オケアノスと合流してイエローストーンのゲートへと向かう。

ボアザンのプリンス・ハイネル自らが指揮する作戦でボルテスVが合体不能に陥り、北海道苫小牧市の粒子加速器イゾルデがゾンダーに占拠されるなど、危機が相次ぐ。

さらに、15年前に死んだはずの早乙女博士が再び姿を現すとともに、インベーダーの活動が本格化する。竜馬は隼人や弁慶とともに、早乙女研究所に隠されていた真ゲッターに乗り込んで対抗するが、戦いのさなかに突然ゲートが開く。その際、ディドは謎の女性が導く声を聴くのだった。

ゲートに飛び込んだ早乙女を追って、ラー・カイラムとオケアノスはプラントと地球連合が争う世界の種子島近海に転移した。一行はミスリルと連絡を取るが、テッサとかなめが反社会組織A21に捕まってしまう。

一行の協力で2人の救出は成功するが、今回の事件の裏では反社会組織A21は謎の組織からプラン1501 ベヘモスが与えらえていた。またその陰で早乙女は傭兵ガウルンと密会していた。

アークエンジェルを護衛して地球連合のアラスカ基地を目指す一行を、復讐に燃えるアスランが追撃する。追い詰められたキラを助けようとしたトールが撃墜され、互いの仲間の命を奪う形となったかつての親友同士は、相打ちとなって姿を消すのだった。

そして、境界空間に呼び込まれた一行は、かねてよりディドに呼びかけてきた声の主であるハーザと対面する。彼女は遠い昔、並行世界同士の戦いを誘発する巨人ネピリアンによって滅ぼされた異星の文明ファブールスが遺した、高次元思念量子情報集積体だった。一行は限定的なゲートを開く能力のあるハーザから、並行世界の戦力をまとめ上げてネピリアンに対抗するように告げられる。

ひとまず元の世界に戻った一行は、アラスカ基地で孤軍奮闘していたアークエンジェルに加勢する。ガウルンの攻撃がアークエンジェルの艦橋を捉えたとき、ラクス・クラインからフリーダムガンダムを与えられたキラが駆けつける。

アラスカ基地に仕掛けられた戦略兵器サイクロプスが起動し、周囲のすべてを焼き払う。味方である地球連合に裏切られ、敵を引き付ける囮にされたアークエンジェルは、オーブに戻ることにする。

邪魔大王国が探し求める銅鐸が、鋼鉄ジーグとなる司馬宙の体内にあることが露見する。それまで自分の世界にとどまっていた宙は、集中的に狙われることを避けるため、並行世界を巡る旅に同行する。

ハーザが開いたゲートにより、一行は人類が滅びた世界に転移する。ガルズオルムの魔戦士アビスとシンの攻撃で、キョウのパートナーを務めてきたシズノが大きなダメージを負う。幻体といえどもデータの欠損という形で損傷を被り、最悪の場合は消滅に至るのである。

ゼーガペイン・フリスベルグに乗るクリスとアークの夫妻が、オケアノスの戦力に加わった。ふたりはキョウやシズノとともに、舞浜サーバーの中の街でリョーコと交流する。だがアークの幻体には、すでに修復不能なほどダメージが蓄積していた。戦闘中にアークが限界に達したことを悟ったクリスは自爆を図るが、アークは最期の力で自爆設定を解除し、夫を生かす道を選ぶ。

アークの死を知らされて涙するリョーコを、キョウが抱きとめたとき、彼女がセレブラントとして覚醒するのだった。

わだつみ乗員たちは、種子島に埋まっていた火星の艦デューカリオンを発見。アセイラムがヴァース皇族としての素性を明かし、アルドノアでデューカリオンを起動させる。そこへデュオを含む一行が合流を果たした。

ベガ大王直属の親衛隊であるゴーマン大尉の挑戦を退けたのち、この世界にオケアノスを残して、ラー・カイラムは地球連邦のある世界に戻る。重力を操るゾンダーの襲撃で一行は危機に陥るが、新たな勇者ロボ・ゴルディーマーグが変形したツール「ゴルディオンハンマー」を振るうガオガイガーの活躍で難を逃れる。

マジンガーZのオーバーホールを行うため、ラー・カイラムはゲートを越えて光子力研究所を訪れる。機をうかがっていたあしゅら男爵によってマジンガーZが強奪されてしまうが、秘匿された第7格納庫のマジンカイザーが目覚め、ひとりでに動き出す。なんとかマジンカイザーの制御に成功した甲児は、祖父が遺した最強の魔神の力でマジンガーZを取り返す。

ハーザのゲートでラー・カイラムは3大国家の世界へ行き、ソレスタルビーイングと接触する。連携した超大国群はタクラマカン砂漠に兵力を集中させ、一行もろともソレスタルビーイングを壊滅させようとする。突如として現れたトリニティチームのガンダムの介入によって一行は窮地を脱するが、民間人への攻撃も辞さないトリニティのやり口にガンダムマイスターたちは憤慨する。

一方、大国側は国連軍を結成し、ガンダムと同等の性能を備えたGN-Xを実戦に投入する。すべてはソレスタルビーイングの裏切り者であるアレハンドロの思惑であった。用済みとなったトリニティチームは、傭兵サーシェスによって抹殺される。

GN-X部隊の襲撃にガンダムマイスターたちが追い詰められていたころ、月ではアレハンドロがソレスタルビーイングの中枢である量子演算機ヴェーダを手中に収めていた。しかし200年前にこの事態を見越していたソレスタルビーイング創始者イオリアの意思により、ガンダムの中に隠されていた強化システム「トランザム」が起動し、GN-Xを退けるのだった。

地球連合は、インベーダーの襲撃に見舞われたオーブへの支援を口実にして、この中立国を制圧しようとしていた。救援に向かったラー・カイラムと、応戦していたアークエンジェルの前に、ラクスからジャスティスガンダムを託されたアスランが現れる。彼の望みは、真に戦うべき相手を見定めるため、もう一度キラと対話することだった。ふたりは戦争を終わらせる術を求めて話し合うが、すでにオーブの劣勢は覆しようがなかった。一行を逃がしたのち、オーブは主要施設を自爆させる。

ハーザから無人の地球で異変が起きることを知らされた一行は、デューカリオンの護衛をしていたオケアノスを迎えに行く。だがガルズオルムは、ゼーガペインの光装甲を無効化するアンチゼーガ・コアトリクエを開発して待ち構えていた。アルティールが撃墜され、乗り込んでいたリョーコのデータは復元不能となってしまう。

シズノの執念で機体からリョーコの残存データが見つけ出されるが、彼女はゼーガペインから降りることができなくなっていた。

ディーダリオンは失われた記憶の手掛かりを求めてマービュオンの捕縛を試みるが、彼女との接触を危険視したハーザの介入を受け、一行はモジュール77近辺に跳ばされる。ドルシアの部隊を迎撃に出ていたハルトが急な不調に襲われたとき、改修が終わったガンダム・グシオンリベイクで昭弘が助けに入る。

地球連邦の世界に大規模な異変が起きることを予知したハーザは、一行に戦力を集めるように告げ、3大国家の世界へと送り込む。そこではユーフェミアが日本人への差別を撤廃した「行政特区日本」の設立を宣言し、ゼロに参入を求めていた。当初はユーフェミアを利用しようとしていたルルーシュも、彼女が皇族の地位を捨てるつもりであることを知り、申し出を受けようとする。しかしギアスの力が暴走し、誤ってユーフェミアに日本人の虐殺を命じてしまう。もはやルルーシュには彼女を撃つよりほかなかった。

後に引けなくなったルルーシュは「合衆国日本」の独立宣言をするが、C.C.から何者かに妹ナナリーが誘拐されたと知らされると、戦闘を放棄して救出に向かう。そこで待ち受けていたのは、ギアスの真相を知ったスザクだった。ルルーシュは生死不明となり、指導者を失った黒の騎士団は壊滅。カレンだけが逃げ延びて一行に回収された。

一方、ソレスタルビーイングは国連軍の最終攻撃を受けていた。ロックオンはサーシェスを撃退するも、引き換えに命を落とす。ティエリアとアレルヤは戦闘不能となり、プトレマイオスは撃沈。とどめを刺すつもりで自ら乗り出してきたアレハンドロは、彼の僕を装っていたリボンズに見限られ、刹那に討ち取られる。

シャアは連邦宇宙軍を欺いて核爆弾を入手し、小惑星アクシズに搭載して地球に落とすことを目論んでいた。積年のライバルと決着をつけるため、アムロは完成したHi-νガンダムに乗り込む。

一行はシャアのアクシズ入りを阻止しようとするが、ボアザン本星から超強化合金マキシンガルを携えて現れたベルガン将軍の横槍で失敗に終わる。

地球を守るためには、アクシズ自体を破壊するしかない。それがディバイン・ドゥアーズという部隊名の下で一行が果たすべき最初の任務となった。

アクシズめがけて放たれたミサイルは、ギュネイやレズンらネオ・ジオンの精鋭によって撃ち落とされてしまう。一行は防衛線を突破して直接アクシズに取りつこうとするが、巨大なα・アジールを操縦する少女クェスに阻まれる。ブライトの息子ハサウェイは、無断出撃してクェスを説得しようとする。子供じみた振る舞いのハサウェイを拒絶するクェスだったが、インベーダーの奇襲からとっさに彼をかばい、α・アジールは大破する。

ついにシャア自らがサザビーで出撃し、アムロと一騎打ちを繰り広げる。辛くもアムロが勝利を収めるが、すでにアクシズは地球への落下コースをたどっていた。

Hi-νガンダムで小惑星を押し戻そうとするアムロに、ディバイン・ドゥアーズの面々や、敵だったネオ・ジオン兵までもが力を貸す。そのときHi-νガンダムとユニコーンガンダムのサイコフレームが共振現象を起こし、他の機体をすべて弾き飛ばして、アクシズの進路を地球からそらすのだった。

最後に残った小惑星の破片は「やがて支配する地球を守るため」とうそぶくハイネルによって破壊される。そしてハイネルは、疲弊した一行に敢えて手を出すことなく去っていった。

一行はキャンベル星人の侵略を受ける世界でガルーダの挑戦を一蹴し、次に地球連合とプラントがにらみ合う世界に転移するが、そこではかつてないほどに緊張が高まっていた。

アスランはプラント最高評議会議長を務める父パトリックの説得に赴くが、息子の言葉にも耳を貸さないパトリックの命で捕縛されそうになり、戦艦エターナルを奪取したラクスとともになんとか脱出する。

人類を深く憎むザフトの隊長クルーゼは、核の使用を可能とする技術情報を意図的に地球連合側へリークする。反コーディネイター政治団体「ブルーコスモス」の盟主アズラエルは、情報を入手して狂喜し、即座にザフトへ核攻撃を仕掛ける。これに対してプラント側は最終兵器ジェネシスを投入し、両勢力の対立は殲滅戦争の一歩手前にまで至る。

取り返しのつかない破滅を食い止めようとするディバイン・ドゥアーズは、プラントへの核攻撃を防ぐ一方で、ジェネシスの破壊を試みるという二正面作戦を強いられる。死闘の末、差別意識のままに悪魔の所業を繰り返したアズラエルはデビルマンに粛清され、味方の犠牲もいとわなかったパトリックは部下に反逆されて落命。そして戦火をあおって哄笑するクルーゼは、キラによって討たれた。

互いに妄執的な指導者を失った地球連合とプラントは停戦し、世界崩壊の危機はかろうじて避けられた。しかしその様子を、早乙女博士とレナードは陰から冷ややかに見つめるのだった。

そのころ3大国家の世界のユーロ・ブリタニアでは、wZERO部隊の日向アキトとグリンダ騎士団のオルドリンが激しく刃を交えていた。

Dr.ヘルの地下帝国は、キャンベル星人と結託して世界各地に大攻勢をかける。ニューヨークに現れたオーラバトラー乗りたちは、故郷ボストンの母に累が及ぶことを懸念したトッドの介入もあって、大事に至る前に撃退された。またモスクワを攻めたガルーダは、高いプライドゆえに人質作戦を取ることができず、敗北を重ねることとなった。

しかしそれらはすべて陽動に過ぎず、守りが手薄になった日本を地下帝国の移動要塞・地獄城が急襲する。迎撃に向かう甲児たちを待ち受けていたのは、あしゅら男爵がその身を組み込んだ合体機械獣・地獄王ゴードンだった。捨て身のあしゅら男爵に苦戦を強いられる甲児だったが、マジンカイザーのリミッターを解除してファイナルカイザーブレードの力を呼び起こし、ゴードンを撃破する。Dr.ヘルは炎の中に消え、ここに地下帝国は壊滅した。

ハーザの導きを受けたディバイン・ドゥアーズは、ザール星間帝国の侵略を受ける世界の九州へと向かい、もうひとりの鋼鉄ジーグと邂逅する。この世界のジーグはサイボーグではなく、草薙剣児がパイロットとなって操縦していた。一行は混乱を避けるため、司馬宙が一体化するマグネロボットを「鋼鉄ジーグ」とし、剣児が搭乗するものを「ジーグ」と呼び分けることにした。

ドルシア軍の攻撃を受けたモジュール77では、亡きアイナに想いを寄せていた犬塚キューマと、友人の仇を討とうとする山田ライゾウの2人が新たにヴァルヴレイヴのパイロットとなって対抗していた。

グラドスの次なる刺客は、エイジの実の姉ジュリアだった。恋人ゲイルを討たれた復讐を遂げようとするジュリアに、ゲイルの撃墜は自分の意思ではないことを訴えるエイジだが、聞き入れてもらえない。

ショーコが新生ジオールの総理大臣に選ばれた陰で、カミツキの発作に駆られたハルトはサキに暴行してしまう。自責の念を抱えながらハルトはハラキリ・ブレードでドルシア軍を蹴散らすが、人質にされていたショーコの父が巻き添えになったことは知らなかった。

ドルシアの指揮官カインは、モジュール77に毒ガスを散布するドリルを撃ち込む。引きこもっていたせいで逃げ遅れた連坊小路アキラは、彼女を救おうとして倒れたショーコのためにヴァルヴレイヴVIを起動し、ハッキング能力を駆使してドリルを排除する。しかしカインは人間を超越した謎の力を発揮し、ヴァルヴレイヴIIを奪取して去る。

第6の使徒が出現し、迎撃に出たエヴァ2号機を強力な加粒子砲で一蹴した。ミサトは日本全土の電力を結集し、アナハイム・エレクトロニクスが開発中だった陽電子砲で使徒を撃ち抜く「ヤシマ作戦」を発動する。

作戦の準備に各勢力が追われる隙を突き、ベルガンはマキシンガル合金で武装した鎧獣士オコゼニアを投入。ボルテスVは必殺の天空剣をはじかれて絶体絶命となるが、飛来した謎の鷹メカの助けでオコゼニアを撃退する。

砲手としての自信を持てないまま作戦に臨んだシンジは、1射目を外してしまう。しかし反撃をレイのエヴァ零号機が防いでいる間に放った2射目が、狙い過たずに使徒のコアを破壊し、ヤシマ作戦は成功した。

その直後、正体不明の怪獣メナケブが出現し、攻撃からメラフディンをかばったディーダリオンを撃墜する。倒れたディドを助け起こしたシンジは、疲労を押して再度初号機に乗り込む。その姿を見たディドは、自らも持てる力のすべてを振り絞ることを決意し、ディーダリオン・ザアムへの2段変身を遂げてメナケブを滅ぼす。

キャンベル星人のガルーダ、ミーアがコンバトラーV撃破作戦を始めた。戦闘の最中、自身の正体がオレアナが造ったアンドロイドだと知ったガルーダは自暴自棄になり、オレアナを破壊してしまうも、その後の戦闘でコンバトラーVに敗れた。

一方、アーブラウ代表指名選挙に蒔苗を連れていく任務を果たすため彼の邸宅に到着した鉄華団、キリコ、エイジらはカルタ・イシューらと戦闘、ビスケットが犠牲になってしまう。彼の死はエイジ、オルガ、三日月に大きな影響を与えることとなった。

レイズナーのAIであるフォロンからグラドス創生の歴史を聞いたエイジはグラドス上層部に情報を提供、戦闘することとなった姉であるジュリアにゲイルの件を弁明、部隊に帰っていくのだった。

ガンダム・バルバトス（第6形態）という機体を得た鉄華団はカルタ・イシュー、グレイズアインと戦闘、マクギリスの暗躍などの結果、蒔苗がアーブラウ代表に選ばれたのだった。

獣神ライガーの世界で見つかったゲートを開くことのできる遺跡は、ハーザとのやり取りを頻繁に行える可能性があると知ることとなった。そんな折、ベガルーダを召還したまい・ゆいと剣の力により、ドラゴ帝国を退けた一行はまだ行っていないヒイロたちのいた世界に向かうことに。

テンカワ・アキトが単独行動でユリカの行方を追う中、一行はレディ・アンやプリペンダーと出会う。その後、六連や北辰と戦闘、北辰を追ってテンカワ・アキトはまたも姿を消すのだった。

今後の方針としてソレスタルビーイングの仲間を探すこと、いずれ、メグたちの世界に行くことなどを決め、まずはオケアノスがブリタニアが支配するE.U.に向かうこととなった。そこで日向アキトを救い…

伊奈帆たちの世界ではメカギルギルガンが襲来。ダイターンとグレンダイザーで敵わないこの敵に火星騎士の力やロンドベル隊の力を借り、倒すのだった。

邪馬台国の襲来も避けた一行は、GGGにより開発された"DDコミュニケーター"により並行世界間の会話が可能となっていた。

宗介たちの世界ではダムランでテロが発生。アマルガムとの戦闘の中でアーバレストはラムダ・ドライバを完全に発動し、勝利。その最中ではクルーゾーの転属があったり、メタルビーストが動きを見せていた。

その後、ブライトはDDコミュニケーターを他の世界の協力者たちにも配布することを決めるのだった。

その頃、南太平洋のモーディワープ本部に向かうため、共に輸送機に乗っている蛍汰やアカマツ工業の面々がゾンダーに襲われていた。ビッグボルフォッグの加勢などで退けることに成功。

遊園地のボトム・ザ・ワールドでのドでかチカちゃんとの戦闘を経て、蛍汰、火乃紀、そして覚醒人1号はディバイン・ドゥアーズの預かりとなった。

次なる指示座標に従い、南極にたどり着いたラー・カイラムの一行。ティターンズとの戦闘の後、El-25とも戦闘。最中、異空間に飛ばされたユニコーンガンダムとバナージをガランシェールが救出、ジンネマンの過去などを知ることに。

サイコミュの影響でロニの暴走という事態が起きるが、救出にはオケアノスとガンダムヘビーアームズ改が大きく関わることとなった。

輸送船・ガルダにいるオードリー救出に向け、様々な協力の元、ユニコーンガンダムが仕掛ける。洗脳に翻弄されるマリーダやEl-25との戦闘を経て、ネオ・ジオンの元へバナージは旅立つのだった。

コーウェンとスティンガーによって真ドラゴンが復活してしまう。ゲッター線汚染を起こさず、ディバイディングドライバーなどを活用して倒すプランを立てたゲッターチームら。無限に回復する真ドラゴンを前に號の指示で真ゲッター1がストナーサンシャインを放ち、勝利。

一方で中華連邦を狙うオルフェウス、オルドリンが邂逅。2人の死闘に割って入ったウィザードの正体などを知ることに。V.V.に撃たれたトトが死の間際に忘却のギアスを使い、2人を救い……。

ゼロの捜索に向けて動き始めた一行。ゼロの正体であるルルーシュはバベルタワーでの襲撃に際し、C.C.と邂逅。記憶が蘇り、ゼロとしての活動を再始動することに。

中華連邦領を自身の領土としたゼロ、エリア11の新たな総督となったナナリーを救出せんとするも彼女の意思を知り、悩んでいた。

ディバイン・ドゥアーズにトロワと五飛の帰還要請が届く。ナデシコCの艦長に任命されたルリのクルーとなる仲間集めに際する護衛をレディ・アンがオケアノスに依頼する。

かつての仲間との再会やテンカワ・アキトとも再会するが、彼は北辰を追い、またも去っていく。

一方、邪魔大王国のヒミカの黄泉返りの術により、あしゅら男爵が復活していた。

あしゅら男爵の操るゴードンの稲妻剣によって追い詰められた甲児ら。おじいちゃんの幻聴やさやかのアドバイスを受け、甲児は唯一動ける機体・マジンガーZを使い、これを退けるのだった。

この危機にマジンエンペラーGが出現、鉄也が搭乗しピンチを救うのだった。

一方、サンフランシスコのメケナブを倒さんとする一行にレプラカーンが襲撃。その戦闘中、ジェリルのオーラ力によってシオンはバイストン・ウェルに帰還してしまう。

お互いの状況を知る中、ドレイク軍・ビショップ軍が地上に。

その後、ナデシコを月工場に送っていくミッションをカトル・ラバーバ・ウィナーと協力してこなし、ビッグファルコンにボルテスチームが帰還を果たしていた。

ボルテスVに超電磁加重砲という武器をつける運びになる中、敵のオコゼニアが襲来する。1度目はこれを退けるも、ダイモンとサイモンとの戦闘では危機に瀕していた。

その時、頼みの綱としていた鷹ロボが現れ、超電磁ボールVの字斬りを放ったことで勝利を得る。一行は鷹ロボに乗っていた剛健太郎博士との会話で彼がボアザン星人であること、恒星間航行艦ソーラーバードの建造について知ることとなった。

そんな中、ガランシェールに動きがあった事を知った一行。バナージのディバイン・ドゥアーズを巻き込みたくないという想いを汲み取り、助っ人"ストロベリー・プリンセス"としてネオ・ジオン、アンジェロ、赤い彗星の再来・フル・フロンタルと戦闘になる。

そして、バナージはLa+プログラムが示す「場所」へ向かう決意を新たにするのだった。

凱らは機界四天王との戦闘の中、El-01を発見。

最中、ラプラスの箱を求めるフル・フロンタルたちも動き始める。バナージとミネバが最終座標・インダストリアル7でその箱の正体が「宇宙に適応した新人類の発生が認められた場合の参政権を保証する」との七章目となる一つの条文が加えられた宇宙世紀憲章を記した石碑のオリジナルであることを知る。

それでもなお、フル・フロンタルとの交渉は決裂し、戦闘となる中、ナイチンゲールを駆るシャア、意思を取り戻したクェスの協力を経て、企みを蹴ることに成功するのだった。

また、大東京に出現したパズダーたちに最終手段・弾丸Xを発動し、倒すことに成功。

しかし、グリプス2のコロニーレーザーの誤作動が起こり、さらなる危機が訪れるも、エヴァンゲリオンのATフィールド、ユニコーン・バンシィ・Hi-νガンダムのサイコフレームの力などに加え、ディーダリオン・ザアムはアーリーツ・オウルで退けることに成功。

シャアらがどこかに去る中、ミネバは箱の中見について、望みについて演説するのだった。